Naruto Uzimaki es el protagonista de la historia; se trata de un ninja de Konoha (Aldea Oculta de la Hoja), un adolescente hiperactivo y distraído con una infancia dura. En su interior lleva encerrado al Kyübi, el zorro de nueve colas. Años antes, este demonio atacó Konoha matando a muchas personas; el líder de la aldea, el Cuarto Hokage, sacrificó su vida para sellarlo en el interior de un recién nacido, Naruto, con la esperanza de poner fin a la matanza.

Muchos maltrataron a Naruto desde entonces por considerarle como al Kyübi y, por ello, el Tercer Hokage prohibió mención alguna del ataque.

Doce años después, Naruto se gradúa en la Academia Ninja gracias al uso de una técnica denominada multiclones de sombra; esta técnica provenía de un pergamino prohibido que había robado de su aldea tras ser engañado por Mizuki, un ninja renegado que pretendía salvar a su maestro Iruka. En el encuentro, Naruto toma conciencia de ser el recipiente de Kyübi.

A parir de aquí, la historia sigue el crecimiento de Naruto y sus amigos, en los que tiene una confianza ciega, focalizándose en las interacciones y diferentes personalidades de los mismos. Mientras aprenden habilidades, van entrando en contacto con nuevos personajes y van realizando diferentes misiones en distintos lugares. El sueño de Naruto es convertirse en el líder máximo de su aldea. 

El inicio de la serie pone su foco en el Equipo 7 formado por Naruto, Sasuke Uchiha y Sakura Haruno. Más tarde, un delincuente llamado Orochimaru ataca la aldea y asesina al Tercer Hokage; esto da lugar a que uno de los tres ninjas legendarios, Jiraiya, busque a una antigua compañera llamada Tsunade para nombrarla Quinta Hokage.

En la búsqueda, se da a conocer que Orochimaru pretende encontrar a Sasuke para entrenarle y que pueda matar a su hermano Itachi Uchiha, culpable del fin del clan Uchiha; Sasuke entrena con Orochimaru, traicionando a la aldea.  Entonces, Naruto abandona su aldea junto a Jiraiya para entrenarse a la espera de su próximo encuentro con Sasuke. Naruto regresa a la aldea años después, el equipo 7 deberá luchar contra los miembros de la organización Akatsuki quienes pretenden capturar a las nueve bestias con cola, entre las que se encuentra el Zorro de Nueve Colas contenido en el interior de Naruto, con el fin de controlar al Mundo Ninja.

Son numerosos los personajes que aparecen en Naruto. Los ninjas comienzan estudiando en la Academia y, posteriormente, son divididos en tríos Genin (ninjas novatos), a las órdenes de un sensei, que cumplen diferentes misiones; uno de estos tríos es el Equipo 7 que, junto a su sensei Kakashi, constituyen el eje central de la historia.

Los cinco países: País del Fuego, País del Viento, País del Agua, País de la Tierra y País del Rayo, están gobernados por señores feudales; es dentro de los países donde se ocultan las aldeas (asentamientos ninja) que forman a ninjas desde la infancia; los líderes de las aldeas ostentan el título de Kage.

• Naruto Uzamaki: la soledad de su infancia le ha llevado a la búsqueda continua de reconocimiento por ello su exceso de bromas, su inmadurez y el intento continuo de llamar la atención. 
• Sasuke Uchiha: con grandes habilidades para las artes ninja; es serio y competitivo. Su obsesión es acabar con su hermano Itachi, responsable de la muerte del clan Itachi. 

• Sakura Haruno: única chica del equipo, inicialmente gran admiradora de Sasuke, desprecia a Naruto; según avanza la historia se desencanta y se convierte en su protectora.
• Kakashi Hatake: primer maestro del equipo formado por Naruto, Sasuke y Sakura. Ninja de gran experiencia, de aspecto severo y gran preocupación por el trabajo del equipo. Es audaz e intrépido, con gran pasión interior y gran serenidad exterior.

Junto a los personajes principales cabe destacar las triadas formadas por los diferentes equipos ninjas y sus maestros:

• Shikamaru, Ino y Choji y el maestro Asuma.
• Shino, Kiba y Hinata y la maestra Kurenai.
• Rock Lee, Neji y Tenten y el maestro Maito Gai.

Debemos destacar también a los Tres Legendarios Sanin: Tsunade, Orochimaru y Jiraiya, así como a los miembros de Akatsuki, organización de ninjas renegados.

Desde 1999, Naruto publicó un capítulo semanal en la revista Shonen Jump hasta un total de 597 relatos que se recopilaron en 63 volúmenes que fueron lanzados entre el año 2000 y el 2012; la primera parte, formada por los 238 relatos primeros, forman el comienzo de la cronología de Naruto; los relatos que van del número 239 al 244, son un spin-off sobre la juventud de Kakashi Hatake; la segunda parte, está constituida por los relatos del 245 al 597, continúan la historia de Naruto.

El anime continúa fielmente el argumento del manga con ciertas modificaciones (menor violencia, mayor extensión de algunos hechos). La serie actualmente está dividida en tres partes: Naruto, iniciada el 3 de octubre de 2002; Naruto: Shippuden, iniciada el 15 de febrero de 2007 y Boruto: Naruto Next Generations, iniciada el 5 de abril de 2017.

Además de la serie anime, Naruto cuenta con siete películas; las tres primeras, temporalmente, corresponden a la serie original; son: “Naruto, la película: ¡El rescate de la princesa de la nieve!”, “Naruto, la película 2: ¡Las ruinas ilusorias en lo profundo de la tierra!” y “Naruto la película 3: ¡La gran excitación! Pánico animal en la isla de la luna”. Las tres siguientes corresponden a Naruto Shippuden; son: “Naruto Shippuden: La película”, “Naruto Shippuden 2: Kizuna” y “Naruto Shippuden 3: Los Herederos de la Voluntad de Fuego”. La última película corresponde a la serie Boruto y se llama “Boruto: La película”. 

Naruto también ha encontrado se sitio en el mundo del videojuego, Un primer videojuego, Naruto: Konoha Ninpouchou, fue lanzado en el año 2003. Desde entonces se han desarrollado juegos como Naruto: Clash of Ninja, Naruto: Council o Naruto: Ultimate Ninja Storm. Para finalizar, mencionar que Naruto, además, lanzó un juego de cartas coleccionables que en su totalidad componen un total de 417 cartas.