Un día, Lucy Heartfilia, una joven de 17 años de edad especializada en la magia de espíritus celestiales, huye de su hogar y viaja al reino de Fiore para cumplir su sueño de unirse al gremio de Fairy Tail. En el camino conoce a Natsu Dragneel, un joven que busca a Igneel (un dragón que lo crió como un padre adoptivo en su infancia), y que viaja acompañado de su mejor amigo, un gato parlante llamado Happy. Poco después del encuentro entre ambos, un impostor de «Salamander» de Fairy Tail se presenta en Fiore, y Lucy, al creer que es un miembro de dicho gremio, decide seguirlo aunque la intención de éste es venderla como esclava. Natsu la rescata y le revela que él es el verdadero Salamander, pues cuenta con las habilidades de un Dragón Slayer de Fuego (magia especializada para matar dragones, la cual se caracteriza por su antigüedad). Tras esto, le ofrece unirse a Fairy Tail y ella acepta. Una vez que llega al gremio, Lucy conoce a Erza Scarlet, una maga especializada en el reequipamiento de armaduras y espadas, así como a Gray Fullbuster, un mago creador de hielo. A partir de entonces, Natsu, Lucy, Gray, Erza y Happy forman un equipo para acudir a las distintas misiones que existen en el gremio, las cuales ofrecen a cambio de una recompensa cuyo valor varía según el grado de dificultad de la misión. Conforme transcurre la serie, se dan a conocer otros gremios que buscan casi siempre superar y destruir a Fairy Tail, por lo que los miembros del gremio deben unir fuerzas y evitar que los oscuros propósitos de aquellos se cumplan.

Fiary Tail cuenta con una serie de arcos argumentales, la mayoría con un interés y una continuidad general, pero también hay algunos arcos con menos relevancia. A lo largo de estos arcos argumentales, el gremio va a sufrir cambios y nuevos miembros se unirán al equipo de Natsu y compañía, destacando Wendy Marvell y Gajeel Redfox (otro Dragon Slayer). 

Llegado a cierto punto de la historia, en una lucha frente a un gremio oscuro y el mago oscuro más poderoso y peligroso del mundo, Zeref, la trama dará un salto temporal de siete años que provoca un cambio muy grande con respecto a lo vivido anteriormente, ya que no solo cambia el maestro del gremio (anteriormente era Makarov y a partir de entonces es Makao), sino que todo en Fiore cambia, dejando a Fairy Tail como uno de los gremios menos fuertes y provocando un cambio en todos los personajes conocidos, salvo los protagonistas que vivieron esos siete años en un estado de hibernación.

Fairy Tail cuenta con una gran cantidad de personajes tanto principales como secundarios gracias que estamos ante dos mundos enteros, por un lado Earth Land (donde transcurren los acontecimientos principales de la serie) y Edolas (un mundo paralelo a Earth Land).

En el mundo de Fairy Tail, además, existen una gran cantidad de gremios de los cuales conoceremos personajes que actuarán como secundarios pero que eventualmente aparecerán para echar una mano a los protagonistas. Entre estos gremios destacan Blue Pegasus o Lamia Scale.

También conoceremos algunos antagonistas de la mano de los gremios oscuros y de la leyenda de Zeref, el mago oscuro más poderoso y peligroso de todos los tiempos, que tendrá un papel fundamental en el desarrollo de los acontecimientos, sobre todo a partir de un momento crucial con un salto temporal.

Los personajes más característicos de Fairy Tail son:

• Natsu Dragneel: es el protagonista de la serie, Natsu es un mago especializado en el dominio del fuego. Debido a su afinidad con este elemento se alimenta de llamas, además de ser capaz de convertir cualquier parte de su cuerpo en una flama.28 Por el tipo de magia que utiliza, Natsu es considerado como un Dragon Slayer, un tipo de «magia perdida» (es decir, magia con un inmenso poder que resulta inusual en Earthland). Su meta consiste en encontrar a su padre adoptivo, Igneel (un dragón que se encargó de su crianza y que más tarde lo abandonó por razones desconocidas, cuando Natsu apenas era un niño). No se sabe exactamente cuál es la edad que tiene Natsu, pero se piensa que tiene alrededor de 18 años. Además, es conocido su aborrecimiento hacia los medios de transporte, pues al viajar a bordo de estos suele tener náuseas. Natsu pertenece a un equipo junto con Lucy , Erza, Gray y Wendy. Una de las personas más cercanas a él es Lucy Heartfilia, con la cual a través de la serie genera un fuerte lazo. Según Hiro Mashima el lazo que comparte Natsu con Lucy es más allá que una amistad.
• Lucy Heartfilia: es la protagonista principal femenina de la serie, una chica de 17 años (19 posteriormente) que se une a Fairy Tail gracias a la ayuda de Natsu, con lo cual cumple su sueño de querer formar parte de dicho gremio algún día. Es especialista en la magia de los espíritus estelares. Lucy es una de las personas más cercanas a Natsu junto con Erza, Gray, y Wendy. Según Mashima, Lucy y Natsu comparten un vínculo más allá de la amistad. Mashima decidió darle este nombre al personaje debido a que en ese momento estaba escuchando la canción «Lucy in the Sky with Diamonds» de The Beatles.
• Happy: es un pequeño gato azul parlante perteneciente a la raza Exceed que habitaba en Edolas. Nació seis años antes del comienzo de Fairy Tail, proveniente de un huevo gigante que Natsu encontró, por eso éste lo considera como su nakama, es decir, su colega.33 Su poder mágico consiste en crear unas alas que le permiten volar. Está obsesionado por el pescado, suele decir «Aye» («Sí» en la versión castellana) y le encanta molestar a los demás.
• Gray Fullbuster: es amigo de Natsu, aunque por lo general ambos suelen pelear y discutir. Es un chico de 18 años que se especializa en el hieloalquímico, técnica que desarrolló durante sus clases con una maga llamada Ur. Suele quitarse la ropa inconscientemente, dada la costumbre de su profesora de entrenar para fortalecer su magia de hielo. 
• Erza Scarlet: la mujer más poderosa de Fairy Tail, junto con Mirajane. Algunos la conocen también como Titania. Utiliza la magia de re-equipamiento, que le permite conseguir diversos tipos de armaduras y espadas al instante. Tiene 19 años y forma parte del equipo de Natsu, ya que es capaz de mantener a raya a Gray y a Natsu. De acuerdo a una encuesta realizada por Kōdansha, Erza es el personaje femenino más popular de Fairy Tail; en segundo lugar, se encuentra Lucy.
• Wendy Marvell: una joven Dragonslayer, exmiembro del gremio Cait Shelter antes de unirse a Fairy Tail. Es una maga especializada en el dominio del aire, técnica que aprendió de la dragona Grandine.26 Es acompañada frecuentemente de Carla o Charle y su objetivo es similar al de Natsu: hallar a Grandine, el dragón que la cuidó cuando era más pequeña.
• Gajeel Redfox: es un miembro del gremio Fairy Tail , ex-miembro del gremio Phantom Lord y Dragon Slayer de hierro, criado por Metalicana (dragón del hierro).

Videojuegos

Lucy y Natsu aparecieron en el videojuego japonés Sunday VS Magazine: Shuuketsu! Choujou Daikessen! (2009) para la portátil PSP, el cual es un crossover de los protagonistas de los mangas de lucha publicados tanto en Shōnen Sunday como en Shōnen Magazine. A finales de ese mismo año se estrenó para Nintendo DS el juego Shônen Sunday & Shônen Magazine: White Comic, donde aparecen los personajes principales de Fairy Tail y su sistema de juego es similar a la de Sunday VS Magazine: Shuuketsu!.Otro juego de acción perteneciente al género de rol para la consola PSP y titulado Fairy Tail: Portable Guild, se anunció ese mismo año en el evento Tokyo Game Show. Su sistema de juego es el mismo que el del juego de CAPCOM, Monster Hunter. A finales de 2010, se anunció oficialmente su continuación Fairy Tail: Portable Guild 2, el cual tiene la peculiaridad de que el jugador puede crear un nuevo personaje que se une a las aventuras de los protagonistas de Fairy Tail, además de incluir un modo multijugador. 

El 22 de julio de 2010 se lanzó a su vez en Japón el juego TV Anime Fairy Tail DS: Gekitou! Madoushi Kessen, el cual es un título en 2D para Nintendo DS. El 21 de abril de 2011 debutó Original Story from Fairy Tail: Gekitotsu! Kardia Daiseidou, otro lanzamiento para Nintendo DS. El último videojuego basado en las aventuras de Fairy Tail fue Fairy Tail: Zeref Kakusei, distribuido por Konami para PSP en 2012.